DNA, DNA en nog eens DNA

3 mei 2023

Ik ben afgelopen 2 weken dus in Nairobi geweest. Het was een heel andere reis dan de vorige 3 keer. Gewoon in de bewoonde wereld, met veel werk binnen in het laboratorium. Op het International Centrel for Insect Physiology and Ecology (ICIPE) heb ik uit alle poepmonsters die ik in Tsavo en Naboisho heb verzameld het DNA gehaald. Dit doe je door alle cellen in het monster kapot te maken (te lyseren), dan het DNA op een filter te brengen en met een vloeistof dit weer op te lossen en in een klein buisje op te vangen. Je kunt het wel wat vergelijken met koffie zetten: eerst de koffiebonen malen, dan in een filter doen en vervolgens met warm water koffie zetten. Maar dan op micro-niveau. Met heel veel pipetteren, centrifugeren, weer pipetteren, schudden, weer pipetteren, .....En dit voor 240 monsters. De eerste week waren studenten Annemiek en Julia er om mij te helpen. Toen hebben we ook het grootste deel kunnen doen. De tweede week heb ik vooral besteed aan het verzend-klaar maken van de monsters (onder andere met de hande 240 mini-etiketjes schrijven en geschikte koelbox met koelelementen vinden, ) en zorgen dat de DHL het pakket op vrijdagmiddag op zou halen om te verzenden naar een laboratorium in de UK waar de monsters verder zullen worden geanalyseerd.

Al het werk is eigenlijk heel goed verlopen en 232 monsters hadden genoeg DNA om naar Cambridge te verzenden. Inmiddels zijn de monsters daar gisteren (op dinsdag) aangekomen. Ik heb dus goede hulp gehad van Annemiek en Julia, maar ook van diverse mensen op Icipe, zoals Mary (lab technician), Nelly (onderzoeker) en Kiatoko (hoofd van het lab). Tussendoor helaas niet heel veel tijd om Nairobi echt te verkennen, maar wel verschillende keren naar de Kenya Wildlife Service geweest en af en toe wat inkopen gedaan. De Uber is hierbij erg handig en ik heb hierin aardig wat kilometers afgelegd, omdat ICIPE en KWS respectievelijk in het noordelijk en zuidelijk deel van Nairobi liggen. Dat gaf me wel de mogelijkheid met de taxi chauffeurs te praten en aardig wat van de stad  te zien. Ook ben ik een middag naar een Circus Academy geweest in een arm deel van de stad, waar kinderen en jong volwassenen worden opgeleid in vooral acrobatiek. Dat geeft ze de mogelijkheid hun geld hiermee te gaan verdienen (er zijn leerlingen werkzaam in shows over de hele wereld), maar helpt de leerlingen ook met het afmaken van hun school, biedt ze zo nodig onderdak en maaltijden en geeft ze een prettige omgeving om samen naar een doel te werken. Je kunt meer over hun werk vinden op https://mightyjambocircusacademy.com. En, omdat ik niet helemaal zonder wilde dieren te hebben gezien weer naar Nederland wilde vliegen, heb ik op zaterdagmiddag Nairobi National Park bezocht. En daar ook weer genoeg moois voorbij zien komen.

De monsters zijn dus nu op het laboratorium om te worden geanalyseerd. Ik verwacht de resultaten over ongeveer twee maanden. Dit zijn nog erg ruwe data, die uitgebreid zullen moeten worden bewerkt voordat ik ermee aan de slag kan. Maar er is in ieder geval weer een belangrijke stap gezet in het onderzoek naar het darm microbioom van wilde zebra's. Ik hoop dat we hiermee uiteindelijk, op basis van in het veld verzamelde mest, meer over de gezondheid van wilde dieren kunnen zeggen. En dat het ons kan leren in hoeverre het darm microbioom van onze gedomesticeerde paarden anders is dan van hun wilde 'neven en nichten' en daarmee misschien aanwijzingen geeft waarom bijvoorbeeld er zoveel koliek voorkomt bij onze paarden. Maar dat zijn doelen die nog ver weg liggen. 

Nairobi

12 april 2023

De volgende stap in mijn onderzoek is om het DNA te extraheren uit de mest die ik in de afgelopen periode in Kenia heb verzameld. Dit DNA bevat de erfelijke informatie niet alleen van de bacteriën in de mest, maar ook van de planten die de dieren hebben gegeten, van wormen die in de darm leven, van schimmels die ook onderdeel zijn van het microbioom en van de gastheer (en -dame) zelf.  Dit  DNA zal ik, als ik het uit de meer dan 150 mestmonsters heb verzameld, versturen naar een ander laboratorium, waar de bacteriesamenstelling per monster zal worden bepaald. Het DNA dat overblijft zal weer bij -80C worden bewaard. Bij die temperatuur liggen de monsters op dit moment  ook al te wachten.

Het verwerken van de monsters zal ik doen in het laboratorium van ICIPE (International Centre of Insect Physiology and Ecology) in Nairobi. Twee studenten van Wageningen University die op dit moment in Naboisho zijn, zullen mij de eerste dagen hierbij helpen. Het laboratorium van waar wij zullen werken is behoorlijk nieuw en uitgerust met alle apparatuur die ik nodig heb. Daarnaast kunnen we ook ondersteuning krijgen van de onderzoekers en laboranten van ICIPE zelf én de extractie 'kit' is aangekomen. Dus weinig dat een succesvolle missie in de weg staat.

Het enige is misschien dat ik de monsters nog van de Kenya Wildlife Service naar Icipe moet krijgen. In de Uber met een koelbox vol monsters van de ene kant van de stad naar de andere kant? We gaan het zien.

Waarschijnlijk dus weinig wilde dieren deze keer, maar hopelijk wel de mogelijkheid om iets meer te zien van Nairobi. En wellicht wat meer tijd tussendoor om nog een extra bericht in deze blog te schrijven.

Gelukt (grotendeels.....)

10 december 2022

Inmiddels ben ik weer terug in Nederland. En gelukkig is het sederen, zenderen en monsters nemen deze keer zonder problemen verlopen. De dieren in Masai Mara (of eigenlijk de naastgelegen conservancy Naboisho, daarover hieronder meer) zijn duidelijk minder schuw dan in Tsavo, waar maar weinig toeristen komen. Overigens gold dat ook voor hippo's, leeuwen en buffels, die 's nachts om onze tenten heen scharrelden.

In het totaal hebben 15 Topi's en 15 Hartebeesten een zender omgekregen en van die 15 hebben er 10 ook een sensor in de netmaag/pens gekregen. Die heb ik met een sonde via de slokdarm ingebracht. Een beetje vergelijkbaar met het inbrengen van een sonde bij een paard met koliek, maar dan via de bek van het dier in plaats van de neus (zoals bij een paard). Dat ging allemaal heel vlot (binnen 20 seconden) en ook alle andere handelingen (bloedafname, nemen mest- en haarmonsters, opmeten van het dier, omdoen van de halsband) gingen als door een geoliede machine. Alle dieren stonden binnen 15 minuten weer overeind.

In samenwerking met een stichting die onderzoek doet naar roofdieren in Naboisho en Masai Mara, hebben we ook 1 leeuwin gezenderd. Buiten de doelen die wij zelf hebben met dit onderzoek (zie blog 10 november) willen de onderzoekers van de stichtg en ook andere betrokkenen graag weten waar de troep leeuwen waar de leeuwin toe behoort zich bevinden in het gebied en waar ze jagen. Omdat in een conservancy sprake is van zowel gebruik van de graslanden door veehouders als door wilde dieren, is daar meer risico op conflicten tussen mensen en wilde dieren. Door meer inzicht te hebben in de jaag patronen van leeuwen onder invloed van bijvoorbeeld de migratie van dieren, maar ook droogte en begrazing door koeien en geiten, kunnen hopelijk bepaalde problemen worden voorkomen door het management aan te passen.

Het goede van een conservancy is dat het beheer door en voor de lokale bevolking wordt uitgevoerd. Ook de opbrengsten van toerisme komen grotendeels ten goede aan de lokale bevolking. Dit maakt het draagvlak voor bescherming van deze gebieden groter en geeft de lokale bevolking de mogelijkheid om (vaak duurzamer dan voorheen) de gebieden te blijven gebruiken voor begrazing. Maar de risico's van dit type beheer (door wild-mens conflicten maar ook bijvoorbeeld de uitwisseling van ziektes) moeten wel goed in de gaten worden gehouden.

Hoewel het zenderen dus uitermate goed en vlot is verlopen, is dat niet het geval voor het geplande laboratorium onderzoek. De materialen die ik nodig heb voor het verwerken van de mestmonsters, waren nog niet in Nairobi aangekomen. Waarschijnlijk gebeurt dit voor het eind van het jaar. Zodra alles binnen is, zal ik dus nogmaals een reis naar Kenia boeken, maar in principe voor een beperkte periode vooral in het laboratorium in Nairobi te staan. 

Dus wederom, wordt vervolgt. 

Weer naar Kenia

10 november 2022

In mijn vorige bericht heb ik kort over het noodlottige ongeluk van ranger Tim verteld. Hoewel wij dit natuurlijk niet zijn vergeten, gaan we nu, in overleg met de Kenya Wildlife Service, weer verder met een ander onderzoek dat al was gepland. Het project in Tsavo is in principe wel beëindigd.

Wij gaan deze keer  naar Masai Mara, om topi's en hartebeesten te zenderen en van een sensor te voorzien die de lichaamstemperatuur en hartslag meet. In dit project gaan we weer kijken naar de invloed van auto's ('toeristen') , lopende mensen ('stropers') en roofdieren op de bewegingen van deze dieren. We willen onderzoeken of  je vroegtijdig kan zien of er stropers in een gebied actief zijn door naar verschillen in vluchtgedrag te kijken.

Daarnaast willen we onderzoeken hoe de buitentemperatuur invloed heeft op waar een dier zich op een bepaald moment van de dag bevindt. Dat hangt natuurlijk af van voedsel, water, roofdieren, maar waarschijnlijk ook voor een belangrijk deel van de buitentemperatuur. Maar we weten nog weinig over de exacte invloed. En met het veranderende klimaat, is het goed om daar meer inzicht in te hebben. Dan kan hiermee ook beter rekening worden gehouden bij het beschermen van de leefomgeving van deze dieren.

Verder moeten alle monsters die zijn verzameld worden bewerkt in het laboratorium. Dit zal ik in Nairobi doen, omdat het exporteren van de monsters erg lastig is. Ik kan hiervoor terecht in het ICIPE, een instituut dat onderzoek doek naar onder andere honingbijen. Weer een hele andere diersoort, maar ze beschikken over een mooi laboratorium en werken al vaker samen met de universiteit van Wageningen. Of ik daadwerkelijk deze reis al in het laboratorium terecht kan, hangt nog wel af van de levering van de speciale materialen. Door alle onderzoeken naar COVID zijn veel van deze materialen schaars geworden. Inmiddels is de levering wel weer op gang gekomen, maar of alles op tijd is, is nog even afwachten.

Ik houd jullie (op onregelmatige tijden, dat wel) op de hoogte

Schaduw over het project

02-09-2022

Tot ons grote verdriet en onze verbijstering, is afgelopen zondag tijdens het veldwerk één van de rangers verongelukt en een dierenarts gewond geraakt. De activiteiten in Tsavo zijn daarop natuurlijk gestaakt. Op dit moment zijn we in Nairobi om vandaag naar Samburu te vertrekken voor de begrafenis van Tim. Voor nu betekent dit een eind van de blog van deze reis. Het onderzoek zal zeker doorgaan met de informatie die we tot nu toe hebben verzameld.

Missie geslaagd!

Het zit er bijna op. De afgelopen weken zijn onvergetelijk en ook heel succesvol geweest. Hoewel het met wilde dieren nooit helemaal loopt zoals gepland, zijn er voldoende dieren gezenderd en bemonsterd om goede data te verzamelen en hopelijk meer te leren over deze dieren. 

Uiteindelijk hebben we in Tsavo 63 zebra’s, 7 hartebeesten, 5 leeuwen en 1 hyena kunnen vangen. Vooral de hartebeesten en hyena’s bleken erg schuw. In het gebied waar we waren komen geen toeristen, en dat merk je in de reactie van de dieren. Vandaar dat we na afloop van de 2 weken in Tsavo ook naar Masai Mara zijn gegaan, om te kijken of het onderzoek dat speciaal met de hartebeesten moet worden uitgevoerd, daar kan worden gedaan. En dat lijkt er wel op. Hopelijk gaan we over een maand of 6 weer deze kant op.

Maar de komende maanden zal ik mijn monsters uit Kenia moeten importeren en laten analyseren. Dus eerst in Nederland aan de slag.

Alle indrukken van de afgelopen 3 weken zijn te veel om in een kort verslag te beschrijven, maar de foto’s geven wel een indruk van het werk, de dieren en de omgeving. In de 2 weken in Tsavo zaten we met een groep van 17 in de Bush: een vangteam, 2 wild life vets, 2 koks, enkele bewakers en wij. En hoewel alles eenvoudig (geen stromend water, af en toe elektriciteit van de generator) was het prima toeven. ’s Nachts onder een prachtige sterrenhemel slapen in de tent begeleid door het “geblaf” van hyena’s en af en toe het gebrul van leeuwen.

Elke dag stonden we om 5.30u op en gingen om 6.15u onderweg na gezamenlijk gebed en peptalk van de teamleider. Dan zoeken naar de dieren en wachten tot de vets een dier hadden gedart. Zodra het dier onder narcose lag, moesten alle handelingen (bloedafname, mest- en haarmonsters, foto’s gebit en omdoen halsband met zender) zo snel mogelijk gebeuren. Gemiddeld lukte dit binnen 10 minuten. Vervolgens kreeg het dier een middel om de narcose op te heffen en sprong (zeker als een zebra was) het dier binnen een minuut overeind om zich snel uit de voeten te maken.

Een paar dieren is ook met de vrachtwagen verplaatst naar een andere locatie. Daarvoor moesten de dieren (nog onder narcose), zonder lift of takel, in een vrachtwagen met een vloerhoogte van ruim 1,5m worden getild. Arbo technisch niet verantwoord, wel goed voor het groepsgevoel.

Ook goed voor het groepsgevoel waren de nachtelijke vangsessies voor de roofdieren, de zogenaamde call-backs. Er wordt dan geluid afgespeeld van een big of kalf in nood, brullende leeuwen en lachende hyena’s. Dit moest dan met name de hyena’s lokken. De eerste keer was dat behoorlijk succesvol (3 leeuwen en een hyena gedart), maar de andere keren kwamen de hyena’s helaas niet voldoende in de buurt, ondanks bijna gehoorschade bij ons en de stank van een karkas als extra verleiding.

Het terrein was vaak moeilijk begaanbaar, wat nogal een leidde tot kapotte banden en één keer een gebroken as. . Af en toe moest er daarom naar Voi worden gereden voor reserve onderdelen of reparaties. Daarom hebben we sommige dagen minder dieren kunnen vangen, maar dat gaf ons 3-en wel tijd om het gebied te verkennen en andere dieren te spotten, zoals nijlpaarden, gerenuken, olifanten en jachtluipaarden.

Na 2 weken weer een nacht in de Lion Hill Lodge geslapen (en heerlijk gedoucht) om de dag erna naar Nairobi te gaan en vervolgens naar Masai Mara door te rijden. Een prachtig gebied meer in het westen van Kenia, veel groener en glooiender dat Tsavo, met een grotere dichtheid aan (savanne) dieren. De dieren waren inderdaad minder schuw door meer toerisme, wat dus kansen biedt voor aanvullend onderzoek daar met de hartebeesten.

Overigens heeft ook het toerisme in Kenia een enorme klap gehad door Corona, maar je ziet wel dat het nu weer wat aantrekt.

De dagen in Masai Mara waren wat meer vakantie en in 3 dagen een enorme hoeveelheid dieren gezien met oa topi’s, elanden (een antilope soort die zo heet), marabu’s, leeuwen, hyena’s en jachtluipaarden. En als klap op de vuurpijl een luipaard van heel dichtbij met een prooi in de boom.

Helaas is het nu (bijna) voorbij, maar met het vooruitzicht dat ik zal terugkomen. Morgen vliegen we terug als alle PCR testen negatief zijn. Dan nog enkele dagen quarantaine in Nederland. Vanaf 15 juli ga ik dan weer vol energie aan de slag met de paarden. En ook daar heb ik weer zin in!

We zijn er!

Voi, Kenia, 15 juni 2021

Op 12 juni zijn we inderdaad naar Kenia gevlogen. Bepakt en bezakt kwamen we 's avonds in Nairobi aan. Gelukkig konden we zo doorlopen bij de douane, want als ze in onze koffers hadden gekeken, hadden we heel wat moeten uitleggen over de vreemde spullen die we mee hadden: zenders, banden, bloedbuizen, accuboor, ...

In Nairobi werden we opgehaald door Kenana, de onderzoeker in Kenia die  betrokken is bij het project. De volgende dag zijn we naar de Lion Hills Lodge in Voi gereden, aan de rand van het Tsavo East National Park. Daar hebben we de afgelopen twee dagen alles voorbereid, zodat we morgen rond de middag met het vang team van 15 mensen het park in kunnen om daar de komende 2 weken ongeveer 40 hartebeesten, 40 zebra's , 5 leeuwen en 5 hyena's te vangen en van zenders te voorzien.

Hoewel er genoeg moest gebeuren, hebben we toch ook voldoende tijd gehad om alvast van het uitzicht en de dieren te genieten: olifanten, impala's, een grote kudde Afrikaanse buffels, waterbokken, klipdassen en in de verte de eerste zebra's.

Over een week of twee dus weer een update.

Deze keer wel?

Wolfheze, 7 juni 2021

Het is inmiddels meer dan een jaar later. In Nederland begint, met het vorderen van de vaccinaties en het dalen van de besmettingen, alles weer een beetje op gang te komen. Ook in Kenia heeft de Corona crisis het afgelopen jaar het leven sterk beïnvloed. Er zijn 3 besmettingsgolven geweest, waarbij  de zorg behoorlijk is belast. Toch lijkt het totaal aantal besmettingen, zieken en sterfgevallen er tot nu toe mee te vallen. Wel is het land hard geraakt door het wegvallen van het toerisme en de maatregelen die zijn genomen om de verspreiding van Covid-19 in te dammen zoals het sluiten van scholen,  het instellen van een avondklok en het tijdelijk afsluiten van enkele besmettingshaarden waaronder de hoofdstad Nairobi.

Net als in veel Afrikaanse landen, is het aantal beschikbare vaccins op dit moment nog laag. Maar vanwege het lage aantal (vastgestelde) besmettingen, zijn veel van de beperkende maatregelen versoepeld of opgeheven. Hoewel de corona crisis dus nog zeker niet voorbij is, lijken de risico's op dit moment beperkt. Daarom is besloten dat, mits de situatie deze week niet verandert, komende zaterdag met het onderzoeksteam vanuit Nederland naar Kenia te vertrekken.  Mijn 2 reisgenoten en ik zijn gevaccineerd en het hele team (inclusief wijzelf) zullen worden getest op Covid-19 voordat we naar het onderzoekskamp afreizen. Eenmaal daar aangekomen, zullen we contact met de buitenwereld zo veel mogelijk voorkomen en via sneltesten proberen een eventuele besmetting zo snel mogelijk op te sporen. Op deze manier proberen we een zo veilig mogelijke omgeving te scheppen voor alle werknemers.

Al is het nog met een slag om de arm, ik heb veel zin om naar Kenia te gaan. Dus komende dagen ga ik (opnieuw) mijn tassen pakken en de laatste dingen regelen. Ik zal proberen tijdens ons verblijf jullie via deze site op de hoogte te houden, maar dat waarschijnlijk zeer onregelmatig zijn, omdat we in het kamp zelf geen bereik hebben en we in principe tussendoor niet in de bewoonde wereld zullen komen.

Mocht alles lopen zoals gepland, ben ik weg van 12 juni tot 9 juli. Daarna moet ik nog 5 dagen in quarantaine. Dus vanaf 15 juli ben ik weer volledig beschikbaar. In mijn afwezigheid kun je voor spoed of zaken die niet tot mijn terugkeer kunnen wachten terecht bij Jantine Busscher en Robrecht Vanhoutte.